Hola  todos y bienvenidos al blog. No es muy común que un entorno no este preconfigurado para aceptar el flatpak pero si desde luego pasó y por eso mismo hice la entrada de blog. El error se trata de que entorno lxde de LocOS por ejemplo al instalarle el flatpak no encuentra las variables que usa por defecto flatpak las rutas en donde ubica los programas y librerías que utiliza cada vez que instales algo.   
Agregar una variable del entorno 
sudo nano /etc/environment 

 Globalmente agregarías estas rutas que están debajo. Que es para todos los usuarios y de hecho lo recomendado es hacer que el usuario que usas tenga esas variables para no tocar nada importante en la raíz de sistema.  
Solo en el usuario .profile 
/var/lib/exports/share, $HOME/.local/share/flatpak/exports/share

solo X11 , en esta opcion exportamos las variables dentro del archivo de configuración de la sesión solo sirve en X11 , no creo que nadie use wayland en locOS. En la terminal 
echo export 'XDG_DATA_DIRS="/var/lib/exports/share, $HOME/.local/share/flatpak/exports/share" ' >> ~/.xsessionrc